Seit dem Schuljahr 1999/2000 ist an der Sekundarschule Affoltern a.A./Aeugst a.A. die dreiteilige Sekundarschule eingeführt. Sowohl der Übertritt von der Primarschule in die Sekundarschule als auch der Wechsel innerhalb der Sekundarschule erfolgen gesprächsorientiert.

Auf Antrag einer Lehrperson oder auf Gesuch der Eltern wird ein Wechsel angeordnet, wenn angenommen werden muss, dass eine Schülerin oder ein Schüler in einer anderen Abteilung besser gefördert werden kann.