Die Sekundarschule Affoltern a.A./Aeugst a.A. führt neben den Sekundarschulklassen auch sieben altersdurchmischte Aufnahmeklassen Asyl unter der Leitung von Magali Lahiaoui und Thomas Flückiger. Im Westflügel der Schulanlage Ennetgraben werden unbegleitete minderjährige Asylsuchende aus dem Asylheim Lilienberg unterrichtet. Bei der Alphabetisierung, dem Unterricht auf den Deutschniveaus A1/A2 und dem Vermitteln von Schulkenntnissen in verschiedenen Schwierigkeitgraden werden die Lehrpersonen von Schulassistent*innen unterstützt